Efectivamente, el sistema te va a querer depreciar desde inicio del ejercicio, a menos que la fecha de inicio de depreciación sea 01/05/2016, intenta modificarlo manualmente desde el dato maestro del activo, si esto te funciona luego puedes cargar la plantilla ITM7 para modificar los demás activos que quieras parametrizar de la misma manera.
Saludos.